Несколько иная интерпретация давно известной истории о легендарных черепашках-ниндзя. События снова развиваются в Нью-Йорке. Снова преступная группировка, возглавляемая Шреддером, пытается захватить власть над городом. В борьбу вступают хранители правопорядка – черепашки-ниндзя, которые очень профессионально скрываются от посторонних глаз. Но, одной журналистке не терпится раскрыть тайну этих загадочных хранителей спокойствия города. Это Эйприл О’Нил. Она готова на все ради хорошего репортажа.

И ей все же удается познакомиться с легендарными черепашками-ниндзя. И она вспоминает, что видела их раньше в лаборатории своего отца. Он работал над сверхсекретным проектом огромной важности. Цель этого проекта была создать героев, способных прийти на помощь мирным гражданам и одолеть преступников. Для этого им вводили мутоген. Подопытными животными были черепахи и крыса. Но, лабораторию подожгли, и подопытные животные оказались на грани гибели. В этот момент на помощь к ним пришла Эйприл О’Нил и спасла их из пожара. С тех пор животные стали жить в канализации. Самым мудрым из них был Сплинтер – крыса. Он воспитал черепашек и научил их боевым искусствам.

И теперь, когда жителям Нью-Йорка необходима помощь – появляются сильные и проворные черепашки-ниндзя. Зловещий Клан Футов во главе с Шреддером, управляющим полицейскими и политиками, снова хочет овладеть Нью-Йорком. И сначала они отыскивают дом черепашек-ниндзя и похищают трех черепашек и тяжело ранят Сплинтера. Радуясь своей победе Шреддер, начинает осуществлять зловещий план. Но, Эйприл вместе с Леонардо спасают остальных. И снова черепашки-ниндзя вместе освобождают город от клана опасного преступника Шреддера. Эйприл О’Нил обрела настоящих друзей в лице черепашек-ниндзя и крысы Сплинтера.